不管是机关工作人员，还是事业单位工作人员，由于工作的性质不一样，身份不一样，工资体系也不完全一样的，职务职级的划分也不完全一样。机关工作人员属于行政编制，事业单位工作人员属于事业编制，这是两个完全不同的群体。

但两者之间也有很多差不多的地方，比如都是财政供养的人员，都属于公职人员，都是缴纳的机关事业单位养老保险，都要缴纳职业年金，养老金的计算办法都是一样的，都是从2014年10月1日开始缴纳的养老保险和职业年基金，在2014年10月1日到2024年9月30日之前办理退休的人机关工作人员，事业单位工作人员，都是属于退休中人，都要按照10年过渡期的比例来享受养老金待遇。

但公务员属于终身制，也就是大家所说的铁饭碗，一旦考上公务员，只要自己不主动辞职，每年考核合格以上，就不会丢失自己的铁饭碗。公务员有比较完善的职务职级晋升机制，实行职务职级并行管理，属于单独的工资体系；事业单位工作人员，是按照事业单位人事管理条例的规定执行，虽然也有事业编制，但实行的是聘用制，还不属于完全意义上的铁饭碗，但只要不犯错，工作也是比较稳定的。

2015年国务院下发了《有关机关事业单位工作人员养老保险制度改革的决定》，从2014年10月开始，不管是机关工作人员，还是事业单位工作人员，都要缴纳养老保险，养老保险的缴费年限达到最低的5年，达到法定的退休才能办理退休，享受养老金待遇。养老金分为基础养老金、职业年金两个部分。

从制度设计上看，机关公务员的养老保险制度，养老保险的缴费方式和缴费比例，养老金的计算办法等，和事业单位工作人员是没有差别的，都是按照机关事业单位养老保险的规定来享受养老金待遇。

从机关办理退休和在事业单位办理退休，如果属于同一个人，在职时的工资待遇差不多，缴费基数差不多，个人账户余额差不多，缴费年限包含视同缴费年限差不多，职业年金账户差不多，在同一个年龄阶段和地方办理退休，养老金待遇其实是没有差别的。

但如果分别属于不同的两个人，即使是在同一年一个在机关工作，一个在事业单位工作，在工龄差不多，退休年龄和退休地点差不多的情形下，养老金还是有差别的。这种差别主要体现在职务职级，技术职称带来的工资待遇形成的缴费基数的差别的。

由于机关事业单位工作人员实际缴费年限的时间不长，大部分缴费年限属于视同缴费年限，虽然两个人的视同缴费年限可能是一样的，但由于担任的职务不同、职级待遇不同，或是专业技术职称不同，视同缴费指数是完全不一样的。

视同缴费指数主要是影响基础养老金、过渡性养老金的计算。机关事业单位工作人员的视同缴费指数要和本人的职务、职级、专业技术职称挂钩，职务职级和专业技术职称越高的人，视同缴费指数也会更高；视同缴费系数在同一个地方办理退休大概上都是一样的，大概在1.3%左右，而是基础养老金的计发系数只有1%，所以过渡性养老金有可能会高于基础养老金。

养老金的差异并不完全是机关退休的人员会高于事业单位退休的人员，如果笼统来对比，这是不对称的，关键还是要看自己的职务、职级和专业技术职称。比如机关的科级干部和事业单位副高职称的人员相比，事业单位副高职称的人员肯定会更高，但如果机关处级以上干部和事业单位中级职称的人相比，机关的人肯定会更高。

综上所述，在机关办理退休和在事业单位办理退休，养老金肯定是有差别的。这种差别是由缴费年限、缴费基数，个人账户余额、上年度职工月平均工资、退休地和退休年龄，退休之前的职务、职级和专业技术职称来决定的。